Насамперед відкрити наказ Мінфіну від 26.08.2014 р. № 836 (зі змінами), яким визначено, що зміни до паспортів бюджетних програм вносяться протягом бюджетного періоду шляхом затвердження їх у новій редакції у порядку, встановленому для складання паспортів бюджетних програм, у разі:
1. прийняття змін до рішення про місцевий бюджет, які призводять до зміни інформації та показників, затверджених у паспортах бюджетних програм;
2. передачі бюджетних призначень від одного головного розпорядника до іншого;
3. передачі нерозподілених бюджетних призначень на визначену в рішенні про місцевий бюджет мету між головними розпорядниками;
4. перерозподілу видатків за бюджетними програмами у межах загального обсягу бюджетних призначень, передбачених головному розпоряднику;
5. прийняття відповідних рішень щодо внесення змін до чинних порядків використання бюджетних коштів, які призводять до зміни інформації та показників, затверджених у паспортах бюджетних програм;
6. прийняття нормативно-правових актів, які призводять до зміни інформації та показників, затверджених у паспортах бюджетних програм;
7. внесення змін до розпису місцевого бюджету, які призводять до зміни результативних показників бюджетної програми;
8. внесення змін до спеціального фонду кошторису бюджетної установи в частині власних надходжень бюджетних установ, що призводять до виникнення нових завдань бюджетної програми.
У таких випадках головні розпорядники:
- подають до фіноргану порівняльну таблицю з поясненнями щодо відмінностей інформації та показників проекту паспорта у новій редакції порівняно із затвердженим паспортом;
- уточнюють виключно ті результативні показники, зміна яких пов’язана з випадками внесення змін.
Наказом № 836 встановлено, що паспорти бюджетних програм затверджуються наказами головного розпорядника або у разі, якщо згідно з нормативно-правовими актами головний розпорядник ухвалює свої рішення в іншій формі, ніж наказ (наприклад, розпорядження тощо), - іншим відповідним розпорядчим документом головного розпорядника у двох примірниках.
Тож, по суті, при внесенні змін до бюджетної програми необхідно затвердити новий паспорт бюджетної програми, який враховував би усі зміни. 
Один примірник наказу про затвердження нових паспортів бюджетних програм залишається у головного розпорядника, інший - протягом 3 робочих днів передається головним розпорядником відповідному територіальному органу Державної казначейської служби України.
Протягом 3 робочих днів від дня затвердження паспорта бюджетної програми головний розпорядник:
передає завірені в установленому законодавством порядку копії паспорта та наказу про його затвердження фіноргану;
подає до фіноргану затверджений паспорт бюджетної програми в електронному вигляді.

У разі зменшення або передачі бюджетних призначень, що призводять до скасування існуючої програми, відповідний головний розпорядник бюджетних коштів готує наказ про визнання таким, що втратив чинність, наказу про затвердження відповідного паспорта бюджетної програми у двох примірниках.
Один примірник відповідного наказу залишається у головного розпорядника, інший - протягом 3 робочих днів передається головним розпорядником відповідному територіальному органу Державної казначейської служби України.
Протягом 3 робочих днів від дня прийняття відповідного наказу головний розпорядник передає завірену в установленому законодавством порядку його копію фіноргану.